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天手让叶是名女高中生，在空中的宇宙殖民卫星过着平静的生活。但在遇到难民少女尼娅安后，她被卷入了非法MS决斗竞技“军团战”之中。她化名“玛秋”参赛，驾驶着高达GQuuuuuuX，每日投身激烈的战斗。同时，被宇宙军和警察两方追捕的神秘高达及其驾驶员少年修司，出现在她们面前。接着世界迎向了新时代。

与父亲生活在森林的少年铁剑，想成为天下第一剑士。在一次偶然中，他被大猩猩追击无意间到达城市，与被“剑”的魔力影响而成为鬼的高中生剑道高手鬼丸猛产生斗争，开启了寻找“剑”的旅途。